Quizá ésta ha sido una de las grandes dificultades del retablo, dada la cantidad de oro existente en toda su superficie.
Se decidió reintegrar con lámina de oro las zonas estructurales: marcos de las escenas, agujeros de las cornisas, entablamentos y en zonas donde el araldit estaba a la vista. Una vez aplicado se envejeció con lanilla de acero, acuarela y pigmentos.
La mayor parte de las zonas reconstruidas se han mantenido en madera vista.
Con respecto a las figuras, es decir, a las esculturas y a los relieves, se ha procedido de otra manera. En aquellos espacios que exigían una reintegración, tanto en ropajes, como fondos, se ha utilizado el iriodin aplicándolo de esta manera. En una primera fase el iriodin se aplicó sobre bol con la técnica de rigattino, pero con un resultado estéticamente dudoso. Después de varias pruebas, se aplicó el iriodin sobre el propio estuco blanco, creando una base homogénea y compacta, para aplicar a continuación la reintegración cromática a rigattino con pigmentos. La ventaja que presenta esta técnica es su gran reversibilidad y su fácil eliminación.
Las zonas de madera vista, a consecuencia de la pérdida del dorado y de la policromía, han sido limpiadas y en muchos casos, la madera ha sido aclarada con ácido oxálico con la intención de igualar el color del dorado y el de la madera.
El frontal de la mesa del altar que había desaparecido ha sido reconstruido en base a fotografías antiguas. Se ha reproducido la policromía con la intención de eliminar el impacto que producía una masa tan grande de madera en un conjunto tan dorado y policromado.