El retablo está construido en madera, material abundante en aquel tiempo y que resultaba más barato que el mármol o la piedra. Era más fácil de trabajar, y existían muchos artesanos hábiles en dicha labor. Este material permitía también el dorado y policromado posterior.
Las columnas y los arquitrabes están realizados en madera de cerezo, mientras que los paneles en relieve y las esculturas son de madera de nogal. Las características de estas maderas son las siguientes:
Cerezo: árbol de la familia de las Rosáceas, cuyo nombre científico es Prunus avium. Su madera es muy apreciada por su color y por la posibilidad de un buen acabado. Es muy atacable por los insectos.
Nogal: árbol de la familia de las Juglandáceas cuyo nombre científico es Juglans regia y es conocido por Nogal Europeo. Su madera es de gran valor, de fácil elaboración y permite un acabado óptimo. El duramen es muy resistente al ataque de los xilófagos, mientras que la albura es muy vulnerable. Es una madera muy resistente a la compresión y a la flexión.
Ambas maderas son usadas en ebanistería.
Los motivos que han podido incidir en la utilización de estas dos maderas tan diversas en una misma obra son los siguientes:
El grano del cerezo más fino permite el trabajo minucioso de los grutescos y capiteles de las columnas y los arquitrabes.
El menor diámetro de los troncos de cerezo empleados facilita su utilización en los elementos longitudinales.
Las esculturas y los paneles necesitan de troncos de un diámetro mayor, en tomo a los 60 cms.. por -lo que se recurrió al nogal.
En aquel momento estas maderas debían ser abundantes en nuestro país, pero igualmente eran maderas preciadas y su selección fue cuidadosa, sobre todo para las esculturas y las escenas, lo que ha hecho que lleguen hasta nosotros en un buen estado de conservación. Los defectos que se observan son muy pocos; los paneles se conservan sin alabeamiento y sin pérdidas de soporte y el deterioro observable en las esculturas es mínimo.