El retablo, en la actualidad, esta compuesto por cinco calles, zócalo anco, dos pisos y ático. La calle central es más ancha y está ocupada por figuras de bulto redondo en plano ligeramente avanzado respecto a las calles laterales, compuestas por escenas en relieve. Las casas de las escenas son rectangulares y sus dimensiones aumentan en función de la altura del piso: en el banco, son casi cuadradas y las figuras están enmarcadas en su parte superior por un serafin de alas desplegadas.
En los pisos superiores las escenas esth remontadas por veneras diferentes entre sí con charnela en la parte inferior, formando arcos de medio punto a su vez encuadrados por columnas y arquitrabes. En las enjutas la demracióin es variada: en el primer piso, curiosamente, ésta no respeta la simetría entre las diversas escenas; en las calles de la izquierda se desarrolla una representación vegetal, mientras que en las de la derecha son visibles serañnes y rosetas. En cambio, en el segundo piso la simetría es clara: (de izquierda a derecha) motivos vegetales-serafhes-serafines-motivos vegetales. Se desconocen las hornacbas o cajas que debieron enmarcar en un origen las figuras de la calle y el ático.
Las escenas están delimitadas por columnas adosadas, decoradas con grutescos, animales fantásticos, máscaras y bustos, tanto en el fuste como en el capitel. En el banco estas columnas son reemplazadas por balaustres decorados con hojas de acanto, con los que nos encontramos de nuevo en el ático, más profusamente tallados y de fuste acanalado. Los dos pisos están divididos por entablamentos de considerables proporciones. Están compuestos de diversas piezas y su decoración varía según la altura, aunque manteniendo motivos de la antigüedad clásica: hojas de acanto, ovas, dentículos, etc...
Las columnas y entablamentos están en un plano avanzado respecto a las escenas. El zócalo es pura decoración, constituido por elementos planos entre cartelas. En sus extremos se hace curvilíneo representando cuernos de la abundancia de los que surgen fantásticas visiones de vegetales y animales entrelazados.
El retablo está coronado por tres escudos: en el centro, el escudo de las cinco llagas, propio de la orden del convento, y a los lados las armas de los Reyes Católicos (en la ordenanza de Juan de Larrea se describían también dos escudos con las armas de los esposos, pero o no se realizaron nunca o no han llegado hasta nosotros).